Sebagaimana layaknya sebuah yayasan sesuai undang-undang, YPIA memiliki struktur organisasi berikut:

Pembina YPIA

• Dr. Setyanto P. Santosa, MA, QIA - Ketua
• Azhari, SE., MM, QIA - Sekretaris
• Drs. H.M. Chatim Baidaie, Ak, QIA, CFE
• Drs. H. Achmad Subianto, MBA, QIA
• Drs. Ridwan Fatarudin, Ak, QIA, CRMP, CA
• Prof. Dr. Hiro Tugiman, Ak, QIA, CRMP, CA
• Drs. Syaiful Amir, SE., Ak
• Ir. Ogi Prastomiyono, MBA, QIA, CCSA, CISA
• Riduan Simanjuntak, Ak., MBA, CIA, CISA, AAAIK, CRGP, QIA
• DR. Maliki Heru Santosa, Ak., MBA, CA, CRMP, FCMA, CGMA, QIA.

.

.

Pengawas YPIA

• Drs. Hadi Rachmansyah Pane, Ak, QIA - Ketua
• Drs. K. Ridwan Nur, SE., MM., QIA, CFrA, CBA, CFE
• Drs. Husein Sani, QIA

.

.

Pengurus YPIA

• Ir. Martiono Hadianto, MBA, QIA - Ketua
• H. Darwis A. Rahman, SE, QIA - Wakil Ketua
• Budi Sumartoyo, SE, Ak, MBA, CA, CISA, CIA, CFSA, QIA - Sekretaris
• Dra. Arnida M. Chaidir, Msi, QIA - Bendahara